Eksiksiz ve hatasız tüm projeler 'Projeleri yönet’ üzerinden doğrudan manüel olarak başlatılabilir. Alternatif olarak BatchDeduplicator’u, seçilen projeleri yürütmesi için komut satırı parametreleriyle başlatabilirsiniz. Konuya ilişkin daha ayrıntılı bilgileri ‘Komut satırı parametreleri’ bölümünde bulabilirsiniz. Münferit projelere, ilgili iletişim penceresinin tablosunda yürütme zamanları tayin edilebilir. Olası seçenekler: 'Asla yürütme!’, 'Bir defa yürüt!’, 'Ayda bir yürüt!’, 'Haftada bir yürüt!’ ve 'Her gün yürüt!'. ‘Aktif’ seçeneği işaretlenmişse ilgili proje belirlenen zamanda yürütülecektir. Fakat bunun için ayrıca 'İşletim sistemini başlatırken BatchDeduplicator’u da başlat’ seçeneği de işaretlenmiş olmalıdır. Bu durumda ekranın sağ alt kısmında BatchDeduplicator’u açmak için kullanabileceğiniz bir bildirim sembolü görünür.